盡管商標(biāo)法并未規(guī)定商標(biāo)共存協(xié)議在商標(biāo)近似性判斷中的效力，但經(jīng)實(shí)踐積累，商評委與法院已普遍接受商標(biāo)共存協(xié)議可以作為商標(biāo)近似性判斷的考量因素。然而，商標(biāo)共存協(xié)議可以在多大程度上影響商標(biāo)近似性判斷仍存爭議。
2016年12月23日，最高人民法院在“NEXUS”商標(biāo)駁回復(fù)審再審案中接受谷歌公司提交的其與引證商標(biāo)注冊人簽訂的商標(biāo)共存協(xié)議，并據(jù)以判決使用在手持式計(jì)算機(jī)、便攜式計(jì)算機(jī)商品上的“NEXUS”商標(biāo)與使用在自行車用計(jì)算機(jī)商品上的“NEXUS”商標(biāo)不構(gòu)成近似商標(biāo) 。受該案影響，2017年司法實(shí)踐中對共存協(xié)議的接受程度明顯提高。經(jīng)統(tǒng)計(jì)，2017年因接受商標(biāo)共存協(xié)議而判定商標(biāo)不近似的敗訴案件共計(jì)91起，較去年有所增加。與往年相同，相關(guān)案件中涉及的共存協(xié)議基本都是在行政訴訟程序中達(dá)成并提交，故行政訴訟中進(jìn)行近似性審查判斷的基礎(chǔ)與行政程序中的審查判斷基礎(chǔ)已經(jīng)發(fā)生顯著變化，因此，因共存協(xié)議敗訴的案件亦可歸結(jié)為情勢變更情形。
以下為2017年法院接受共存協(xié)議的部分案件(見表5)：
關(guān)于共存協(xié)議問題，我們?nèi)匀粓?jiān)持在2016年行政訴訟情況匯總分析中的觀點(diǎn)：商標(biāo)共存協(xié)議可以減輕商標(biāo)之間的混淆可能性，但并不能當(dāng)然取代混淆可能性審查，成為在后商標(biāo)獲準(zhǔn)注冊的充分理由。
嚴(yán)格來講，商標(biāo)權(quán)雖為私權(quán)，但在先商標(biāo)權(quán)人并無權(quán)作出同意他人商標(biāo)注冊的意思表示。其基于自身利益考慮，可以對他人商標(biāo)注冊作出放棄主張權(quán)利的意思表示。但該意思表示并不當(dāng)然產(chǎn)生在后商標(biāo)的注冊不會造成商標(biāo)法意義上的混淆的結(jié)果。商標(biāo)注冊是否具有混淆可能性，應(yīng)當(dāng)由法律授權(quán)的審查部門進(jìn)行審查后決定。在商標(biāo)授權(quán)確權(quán)程序中，當(dāng)事人提交商標(biāo)共存協(xié)議的目的在于說服審查部門相信在共存協(xié)議約定的條件基礎(chǔ)之上雙方商標(biāo)的共存使用不會導(dǎo)致消費(fèi)者混淆。審查機(jī)關(guān)綜合考慮包括共存協(xié)議在內(nèi)的可以影響混淆可能性的各項(xiàng)因素后作出判斷。而當(dāng)商標(biāo)的基本構(gòu)成要素：商標(biāo)標(biāo)志和商品相同或基本相同時(shí)，在先商標(biāo)權(quán)人僅以共存同意書的形式表達(dá)放棄權(quán)利主張的意思表示，應(yīng)不足以排除商標(biāo)法意義上的混淆。正如二審法院在改判第16181926號“MIDO”商標(biāo)案時(shí)所述“訴爭商標(biāo)標(biāo)志與引證商標(biāo)標(biāo)志高度近似，即使考慮引證商標(biāo)所有人出具同意書的情況，兩商標(biāo)共同使用在類似服務(wù)上，相關(guān)消費(fèi)者亦會對服務(wù)來源產(chǎn)生混淆、誤認(rèn)”。因此，在商標(biāo)標(biāo)志高度近似，商品或者服務(wù)相同或者類似的情況下，不能僅以在先權(quán)利人的同意而核準(zhǔn)在后商標(biāo)注冊。
以上由于情勢變更、采信新證據(jù)以及采信共存協(xié)議敗訴的案件在一審敗訴案件中合計(jì)占比46.1%，接近一審敗訴案件的一半。在二審敗訴案件中合計(jì)占比37.3%，亦占有相當(dāng)比重。上述三種敗訴原因皆是由于行政訴訟中案件基礎(chǔ)事實(shí)發(fā)生變化導(dǎo)致，并不直接體現(xiàn)為行政機(jī)關(guān)與司法機(jī)關(guān)在法律適用上的分歧。